Nei decenni centrali del V secolo d.C., le incursioni dei Vandali (404 d.C.), poi dei Goti (447 d.C.) e quindi degli Ostrogoti (489 d.C.), interessarono la città arrecandole certamente notevoli danni: i grandi monumenti romani, d'altronde, non vennero tenuti in gran conto neppure durante il dominio gotico in Sicilia se Teodorico, signore dell'isola tra il 491 e il 526 d.C., concesse agli abitanti di Catania di servirsi degli squadrati blocchi di pietra lavica dell'anfiteatro per la costruzione di edifici privati [2],[4]. Ciononostante, secondo la testimonianza dello storico Procopio di Cesarea (Bellum Gothicum, III,40), Catania venne annoverata fra le "praeclaras Siciliae civitates", in virtù non soltanto del suo porto, ma anche per le sue chiese fondate in quel periodo, come la chiesa di Santo Stefano nell'odierna via Crociferi [1]. 

Presa da Belisario nel 535 d.C. nel corso della guerra greco-gotica, la città fece parte dell'impero bizantino per tre secoli [2],[4]. La topografia dei Catania in questo periodo si allarga, grazie alla costruzione di alcune borgate, come quella di Nèsima, il cui nome, secondo lo storico Consoli (Sicilia gloriosa, 1923), deriverebbe dal nome greco di un proprietario dei luoghi (Onèsimo) o dall'epiteto della contrada, che significa "utile, vantaggioisa, fertile". Il monumento più tipico di tale periodo è comunque l'elefante di pietra lavica, simbolo di Catania [1].

Dopo che gli Arabi misero piede in Sicilia nell’827 d.C., conquistarono rapidamente anche Catania, ma in città non sono sopravvissute tracce significative del loro passaggio. Alla metà del XII secolo, comunque, quando Catania era normanna da quasi un secolo, il geografo arabo Idrisi non poté fare a meno di ricordarne le non poche moschee ancora attive [4]. Da notare anche che gli arabi mutarono il nome della città in "Balad-el-fil" (come tramanda lo stesso Idrisi), oppure "Medinat-el-fil" (secondo il cronista Al Muqquasi), e cioè "città dell'elefante" [1].

Gli anni intorno alla fine del millennio sono connotati dall'emergere di una nuova potenza che si affaccia sul Mediterraneo, quella saracena, alla quale non sfugge l'importanza strategica dell'isola. I Saraceni conquisteranno Catania nel 974. Nel 1040, il generale bizantino Giorgio Maniace, a capo dai una spedizione che da due anni tentava di strappare la Sicilia ai saraceni, trafugò le reliquie di S.Agata portandole in omaggio all'imperatore Paflagonio, in riparazione di un'offesa arrecatagli [9]. La tradizione vuole che le spoglie della santa fossero riportate in città 86 anni piu' tardi da due soldati della corte di Costantinopoli (il provenzale Gilberto e il pugliese Goselmo) spinti da divina ammonizione. Tale episodio avvenne il 7 agosto 1126 e viene tuttora celebrato nell'ambito della festa della santa patrona [1].

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